現在隻是擊敗了劉良佐的幾千綠營兵，可是南京杭州還有八旗兵綠營兵數十萬啊！若是清兵傾力前來，僅憑城外的這些崇明軍能擋住清兵進攻嗎？
肯定是擋不住的，隻要稍加思考就知道僅憑劉肇基所部幾千人根本應付不了滿清大軍的進攻，除非越國公傾崇明之力前來救援。可是越國公會傾力前來嗎？從目前的态勢來看，閻應元認為不會，越國公任思齊不可能為了江陰這座小城投入全部的力量。對任思齊來說，能派出幾千人撥出大量錢糧來支援已經不錯了。
此時任思齊從嘉定撤回崇明的消息已經傳了過來，既然任思齊能放棄嘉定，能放棄松江，同樣能放棄江陰。閻應元從劉肇基的作為能看出崇明軍根本沒有堅守江陰的決心。
其實閻應元在來江陰之前，就知道一座小小的江陰城根本扛不住清兵的攻打，最後肯定是城破人亡的下場。可是死又如何？若是聽着清廷的命令剃頭倒是能活下來，可那樣的話活着還不如死了！身體發膚受之父母豈能剃去？所以明知來江陰就是一死，閻應元還是慨然而來，義之所至雖死而不悔！
既然來到江陰，既然外力不足為憑，那唯有自救！集全城人力武力，竭力守城，争取守更長的時間，争取給清兵造成最大的傷害，向整個江南整個大明發出呐喊：在舉國皆降之時，還有人在抵抗！
明白了目前的嚴峻形勢之後，閻應元立刻開始着手布置城守事宜。分派将領訓練士兵，演練防守之策。針對清兵可能的攻城方式征調物質、制作各式武器，城内外的木石大量的被運到城頭，征調全城的石灰制成灰瓶，命令城内的匠戶造火藥，造火磚木銃，造火球火箭，造弓弩箭矢。
在閻應元的命令下，全城的軍民緊張的忙碌了起來，在為未來肯定會發生的大戰積極做着準備。
江陰城人心之齊，準本的守城手段之多，讓參加過揚州之戰的沙千裡都歎為觀止，在給任思齊的密信中，極力稱贊閻應元之才。而閻應元對沙千裡同樣很看重，因為江陰城内鄉兵雖有數萬人之多，可真正有戰鬥力的卻隻有沙千裡所部崇明軍。閻應元多次拜會沙千裡，請求沙千裡能夠派出手下，幫助訓練鄉兵。對于閻應元的請求，沙千裡慨然應允，派出得力的手下擔任教官，開始訓練起鄉兵來。崇明軍的練兵方法自然不同凡響，隻是十來日的功夫，原本是烏合之衆的鄉兵陣容煥然一新，隐隐然有了軍隊的樣子。
就在閻應元帶領全城軍民積極備戰之際，劉肇基帶領四千軍隊追着劉良佐的屁股殺到了常州。
按說劉良佐主力騎兵尚存，又有從江陰撤離的三千多步兵，實力不再劉肇基之下，完全可以停下來和劉肇基打上一仗，勝負還未可知。可問題是兵敗之際，諸軍隻知道奔逃，劉良佐根本沒有逃亡中重整軍隊的能力，而劉肇基追得又緊，根本不給他喘息的功夫。
當劉良佐逃進常州城之時，他手下僅剩八百餘騎兵，其他步兵都在逃亡中不知去向。
常州知府宗澋看到劉良佐狼狽的樣子，大驚失色，慌忙派出信使往南京求援，私下裡偷偷在整理行李，若是常州守不住好逃出生天。
劉肇基一路追亡逐北，硬仗沒打上幾個，因為根本沒有綠營兵敢停下來抵抗，俘虜倒是抓了不少，從江陰到常州一路上抓了逃不動的綠營步兵數百人。劉肇基不願帶這些累贅，不顧監軍陳生的勸阻下令悉數殺之。
常州是座府城，城池遠比江陰更為高大，劉肇基手下隻有四千餘人，根本沒有攻打城池的能力，而劉肇基也根本沒有打算攻城。
劉肇基帶領駐軍在常州城外，威懾城内的清兵，分出一營士兵，在監軍陳生的帶領下一路攻略向南，先後攻破武進、宜興兩縣。
武進宜興是常州的屬縣，縣裡隻有一些衙役百餘兵丁，再加上城中百姓都心向大明，如何是一營崇明軍的對手。還未等崇明軍攻城，就有城中少年殺掉守城的士兵打開城門迎接崇明軍入城。
陳生入城之後，殺掉降清的官紳，查抄其家産，把庫房的錢糧物質并查抄的家産裝運上船，源源不斷的向江陰方向運回。
而在常州城外的劉肇基也沒閑着，他率軍就駐守在常州城外的運河邊，把運河上的來往船隻統統攔截下來，隻數日的功夫就繳獲了無數的物質。大運河是江南的動脈，連通最為繁華的杭州蘇州，江南數十萬清兵的給養物質官府的錢糧稅賦統統都要由運河運送，每日裡來往于運河上的船隻數以百計。運河一被截斷，當即引的江南一片大震，消息傳到南京，滿清豫親王多铎氣得把心愛的青花茶盞摔了個粉碎。
劉肇基的明軍就駐紮在城外的運河邊，如鲠在喉，常州城中劉良佐喘息了過來，這才意識到大事不妙。現在自己已經不是明軍了，而是投降了滿清，再像以前那樣不戰而逃已經不行了。就這次的戰敗來說，豫親王肯定不會輕饒了自己。
不行，必須得想法自救！
可是跟着自己逃進常州的手下不足千人，城内雖然還有一些綠營兵，可戰鬥力都不值一提，自己該怎麼辦才行啊？前些時日的戰鬥，崇明軍的鍊彈攻擊已經吓破了劉良佐的膽子，他從來沒有見過如此犀利威力如此之大的火炮，現在讓他出城去和崇明軍作戰可萬萬不敢，就算他敢，他的這些手下也肯定不會聽命。
可是要不能戴罪立功的話，豫親王多铎肯定不會饒了自己，劉良佐左思右想，實在想不出應對之策來。進，不能擊敗崇明軍，退，不能保住性命，我到底該怎麼辦呀？至于投降城外崇明軍，劉良佐想都不想，據逃回城中的士兵所述，投降的士兵悉數被殺。