随着登州陷落叛軍力量得到飛提升，不但部隊得到極大的擴充，原本的近兩萬人加上張焘，耿忠明的近七千人以及投降的明軍和裹挾的百姓，部隊猛增到四萬多人，不但有了充足的糧饷，還有了堅城可以作為根據地，羽翼已經豐滿，不是劉凡區區不到千人可以撼動的了。
登州可以說是大明最大最先進的鑄炮基地，登州城中不但有明末最厲害的火炮專家孫元化精心打造的二十幾門紅夷大炮以及上百門未來及使用的西洋炮，還有大明規模最大的鑄造火炮的工匠以及二十多名受孫元化招募的葡萄牙炮手和翻譯。登州的陷落使其全部落入叛軍手中，孔有德叛軍瞬間有了大明最多的火炮，連甯遠前線也不及。
劉凡最擔心的事情還是生了，現在山東已經沒有獨立剿滅叛軍的實力了，必須請求崇祯調派援軍才能繼續圍剿，無奈之下劉凡趕緊給崇祯寫奏折，說明情況，增派援軍。而他自己隻能待在青州城繼續練兵。
這時在京城得到消息的崇祯怒不可歇，當即罷免了孫元化登萊巡撫的職位，并任命謝琏為副都禦使巡撫登萊，罷免餘大成山東巡撫的職位，調徐從志接任，總攬軍政負全權責圍剿叛軍，命令總兵劉同柱率兵自北京南下，四川總兵鄧圮、王洪率兵自昌邑而出，并調關外精銳四千八百多人入關平叛，讓總兵金國奇擔任将領，統帥副将靳國臣、劉邦域，參将祖大弼、祖寬、張韬，遊擊柏永福以及舊總兵吳襄等人，讓宦官高起潛監督、護守軍饷，彙合山東共同圍剿孔有德叛軍。
崇祯五年元月二十日，孔有德叛軍攻陷登萊重鎮黃縣和招遠，控制了登州大部分地區。戰線延長至萊州城附近，劉凡奉命前去增援萊州城。經過三日行軍，劉凡元月二十三日到達萊州城，并在萊州城見到新任的山東巡撫徐從志以及登萊巡撫謝琏和萊州巡撫朱大年等人。劉凡在城中受到三人的熱情接待，是夜三人在朱大年家中設宴招待劉凡并商讨叛軍情況。期間三人暢談良久劉凡也對三人的愛國情操感染對他們充滿了好感。席間徐從志詢問劉凡關于叛軍的看法以及未來叛軍可能的動态。劉凡早就知道不久叛軍就會攻城，趕緊說出了自己的擔憂，劉凡認為叛軍攻陷登州後急于把戰線向前推進以增加登州的戰略緩沖，萊州城作為山東有名的重鎮戰略位置及其重要，叛軍不久就會進攻，而且叛軍攻陷黃縣和招遠恰恰證明了這點，三人聽完劉凡的分析認為他說的很有道理，劉凡乘機獻策要廣積糧，并且把萊州城附近的村民都遷移到城中運走糧食堅壁清野，做好長期困守萊州的打算。
次日，在朱大年的主持下萊州開始了堅壁清野的計劃，劉凡與徐從志謝琏一起巡視城防，加固城牆，等待叛軍的到來。
崇祯五年元月二十八日，孔有德，李九成攜三萬大軍包圍萊州城，次日，叛軍開始攻城。孔有德先驅使炮灰部隊攻城，并且動用全部紅夷大炮二十門及西洋炮近百門的強大火力轟擊城牆，大炮轟擊城牆，磚石被擊起飛濺的到處都是，打在守軍身上立刻斃命，霎時間城頭被煙霧籠罩，守軍面對如此強大的火力傷亡慘重不得在藏兵洞躲避等待。幾輪炮擊後，叛軍架着雲梯開始了慘烈的攻城戰，叛軍喊着口号冒着箭雨落石沖上城頭和守軍開始争奪戰，猙獰的面孔，帶皿的刀劍，低沉的嚎叫，彌漫的煙塵，整個萊州城都被這種原始搏殺的慘烈氣息所籠罩所湮滅。戰争，卻依然持續。嘹亮的嘶喊慘叫，動人心弦。叛軍人數衆多猶如蟻附，他們口中，出了震動天地的嘶吼。這種喊聲，互相傳染，互相激勵，消褪了心中許多莫名的恐懼。空中箭矢狂飛，拖着長聲的箭雨如蝗蟲過境般紛紛劃破晴空，隻見不斷地兵士中箭倒地。叛軍剛登上城牆，即刻被數名守軍蜂擁持刃迎上，慘叫着跌到城下摔成肉泥。
戰鬥從清晨持續到傍晚，無論是進攻一方還是守軍一方都是傷亡慘重，叛軍依然沒有攻上城頭，眼見天色已晚孔有德無奈之下才鳴金收兵，看着叛軍如潮水般的退去，劉凡心中沒有任何高興的地方，因為他知道曆史，假如按照曆史來說的話這樣的攻城還要持續很久，也會越來越慘烈，曆史中的萊州城被圍困長達四個月之久，真不知道他們是怎麼堅持下來的，劉凡到現在才算是見到了古代戰争的殘酷和慘烈，這肢體橫飛的場面實在是太震撼人心了。劉凡心中充滿了焦急希望崇祯的命令會使這些自私愚蠢的文官聽命吧，不然的話劉凡也不知道他能堅持到什麼時候。
慘烈的戰鬥依然還在繼續，經過長達半個月的攻堅戰，劉凡手下的破虜軍也是傷亡大半，就連劉凡手下的哨官王永也因保護劉凡被叛軍殺死了，接替他的李小虎也才戰鬥激烈的某一日重傷，不能不被擡走修養，劉凡現在手下就剩下武濤一個哨官了，破虜軍戰營損失了三分之一的兵力，輔兵營更慘幾乎傷亡過半，戰鬥最慘烈的時候叛軍幾乎攻上城頭，幸得山東巡撫親自登上城頭指揮作戰，守軍才堪堪守住城牆沒有被攻破，然而在三天之前的一次攻城戰中這位忠心英勇的巡撫卻被一炮彈擊中當場身亡了，劉凡朱大年謝琏強忍悲痛，草草安葬了徐從志繼續指揮守城。在這半個多月的時間劉凡四人并肩作戰結下了深厚的友誼，對于徐從之這為長者的去世劉凡也是充滿了惋惜，劉凡知道曆史也曾提醒過徐從志要注意，但是戰争展到這種程度已經不是個人的力量可以扭轉的了，徐從志還是向曆史一樣犧牲了。劉凡有時候在問自己真的可以拯救大明嗎？為什麼他努力到現在依然沒有改變什麼，孔有德依然占據了登州，荼毒了山東大部，在不久的将來他還要帶着先進的火炮投降後金，充當滿洲人的劊子手和帶路黨，而劉凡他什麼也做不了！