随着王二牛帶領的後續人馬的到來，神農河畔一下子熱鬧起來。
楊日天手下聚齊了一個戰兵隊，四個民兵隊，一共一百一十九名戰鬥人員。楊六郎帶着三個隊駐紮在下遊營寨，尕李廣帶着兩個隊同總部一起駐在上遊。
狼山堂的袍哥十八人，并不算士兵的編制，同樣駐在上遊。
巴特爾他們最終趕來的二十六人，負擔了往來運輸和遊動警戒的任務。
最熱鬧的是王二牛帶來的一個生産隊男丁。二牛請示了孫一，直接把總部營寨南邊的一大片土地劃成了這個隊的住宅區。住宅區中心是預留的學校、場院、寺廟和戲台，一條南北大街直通總部營寨和神農河，沿着東西向的幾條大街，整整齊齊的是每家兩畝宅基地。狼山的兩畝地，換成英尺都上萬了，即使在後世的美國也算超大的院子，看得孫一直眼熱。
這隊的男丁，立刻“搬”進了自己的“家”。偌大的院子裡，搭一個個小窩棚，或者幹脆挖個地窩子，隻要總部沒有差使，天一亮主人們就開始不知疲倦地收拾自己的“院子”，一直忙到晚上看不見為止。
孫一并不着急對土匪發動進攻，楊日天每天都在抓緊時間訓練人馬。參謀部一成立就發揮了作用，八九個老軍結合自己的實戰經驗，提出了一系列的改進小意見。楊日天對這些小意見高度重視，認為這正是老軍們曆經百戰仍能生還的秘訣，迅速地在全營推廣。
孫一做為一個老程序員，回到明朝之後第一次發揮了自己的專業特長，對全營的通訊指揮進行了大改革。
此時明朝的軍隊指揮離不開旗幟。從明軍的編制就可以看出，每十人叫做一個小旗，每五十人叫做一個總旗。作戰的時候普通士卒緊跟自己的小旗，小旗則跟随總旗，旗進人進，旗退人退。如果不幸一旦被對手拔了旗，相應的人馬就立刻就成了沒頭蒼蠅。級别高一些的旗幟，比如帥旗和隊旗，可以發布簡單的旗令，比如用旗幟指向來發布攻擊方向，用旗幟點頭來發布攻擊節奏。旗幟之間，還可以有一種在孫一看來很原始的通訊：由帥旗發出認旗信号，下屬旗則回答應旗信号。就是一次簡單的互相确認的握手信号而已。
比明軍先進的是，鐵木營中每隊還裝備了柳木哨――真正的木哨，不再是柳樹皮做的臨時哨子。這是上次夜戰馬三保留下來的傳統，柳木哨不同的音調高低可以區分不同隊伍，通過簡單明了的長短音可以發布一些哨令。幾次在蘆葦蕩裡的訓練，讓軍士們感到在兩邊都是高草的蘆葦溝裡，柳木哨比旗幟還管用。
而後世的軍隊，旗幟的指揮作用越來越小，以至于完全退化成榮譽的象征。軍隊中起通訊和指揮作用的，有電台、旗語、燈語、軍号、哨令和口令。
軍号構造簡單，發音嘹亮，傳遠性好，影視劇裡經常有沖鋒号、起床号和熄燈号，應該比較容易推廣應用。孫一于是仔細研究了一支善于用銅号的部隊，吃驚地發現軍号竟然可以發布107種号令：
勤務号13種：起床、出操、收操、吃飯、上課、下課、午休、午休起、遊戲、晚點名、熄燈、集合（集結）、緊急集合；
聯絡号11種：問隊名、知道、不知道、傳号音、傳不通、你在哪裡、在這裡、注意号令、向我靠攏、普通問、普通答；
行動号10種：立正、稍息、跑步、返回、休息、預備、上車、下車、開工、收工；
名目号28種：1、2、3、4、5、6、7、8、9、0，軍、師、團、營、連、排、班、營長、營副、教導員、副教、連長、連副、指導員、副指、排長、排副、号首長；
連隊兵種号16種：号長、号目、号兵、警衛連、機槍連、偵察連、特務連、民兵、騎兵、炮兵、坦克兵、工程兵、鐵道兵、空降兵、防化兵、機械化兵；
戰鬥命令号26種：前進、停止、沖鋒、散開、靠攏、追擊、退回陣地、發現敵人、與敵遭遇、反沖擊、敵人退卻、占領陣地、進入坑道、左、右、防空、防原子、防化學、防細菌、解除、要彈藥、彈藥已去、要求增援、增援已去、要擔架、擔架已去；
各種号令還可以組合，比如用軍号完全可以吹出“二連前進、三連退回陣地”這樣的複雜命令。
用軍号發布命令，不僅要培養号手，還要訓練所有士卒都能聽懂号令，這個工程有些大了。
孫程序員秉承後世分層設計的理念，先對軍令進行簡化和編碼。
普通命令5種，編号11-15:集合、緊急集合、警報、敬禮、休息
戰鬥命令9種，編号21-29:前進、停止、沖鋒、散開、結陣、追擊、退回、向左、向右；
戰報7種，編号31-37：發現敵人、與敵遭遇、敵人退卻、防毒、防箭、要求增援、要求救護；
編号41-49，軍令預留。
編号51-99，通訊用預留。
所有士卒要求可以理解5種普通命令；
戰兵和民兵要求可以理解5種普通命令和9種戰鬥命令；
伍長以上軍官還要求理解7種戰報。
考慮到普通明朝人的數學水平，編号中沒有出現0。
然後孫一按照各自的特點，分别設計了旗幟、手勢、柳木哨、雙手旗語、燈語從1到9的基本編碼，拿着方案就去了參謀部。
參謀部裡人聲鼎沸，大家正在為什麼事争論。賈道士悠悠然地在人群中晃來晃去。自從成立了參謀部，他就整天混迹于此，謀士麼，不就是要領導一下參謀部嘛，隻可惜老軍們說的東西他全然聽不懂。
賈道士得到了他夢寐以求的羽扇。這扇子全部用野鴨翅膀上特殊的羽毛制成，在扇子中央有一條天然藍色的的鏡面一般的反光帶。賈道士愛不釋手，天天拿在手裡，在參謀部裡逢人就輕搖幾下，再故作高深地說一句，“我是爺的謀士，我要保持冷靜。”
看到爺拿出的軍令編碼，賈道士的羽扇“啪”地掉落在地上。“這，這，這莫不是隻要會從一數到九，就能指揮千軍萬馬了！”
一個老軍替他撿起羽扇，低聲對賈道士道，“冷靜、保持冷靜！”
賈道士再看力德爾爺畫出的一到九的編碼，無不簡單明了。以手語為例，手臂高舉過頭握拳便是一、伸掌為二，斜上舉握拳為三，伸掌為四，平舉握拳為五，伸掌為六，斜下握拳為七、伸掌為八，手臂下垂為九。雙手旗語則是在手語的基礎上略做改動，手臂姿勢不變，令旗橫舉為單數，平伸為雙數，左右手各持一種顔色的小旗，一下子就可以表示兩位數。
不顧賈道士啧啧稱奇，孫一誠懇地對諸位老兵道，“這是我閉門想出來的，戰場上合适不合适，還請大夥議一議。”
馬上有老兵提出，戰鬥命令要盡可能簡單明了好記好分辨，不适合編在21-29。以手語為例，發布一個命令還要擺兩次姿勢，不妥。最好就是簡簡單單的1-9。
孫一深以為然。他本來跳過個位數是考慮避免編碼混亂，卻沒顧及戰場上分秒必争。
更有老兵指出，一到九的前進、停止、沖鋒、散開、結陣、追擊、退回、向左、向右命令順序不對。比如單手高舉，握拳為一是前進，伸掌為二是停止，容易誤解。建議改成單手高舉握拳為停止，伸掌為退回，單手斜前握拳為追擊，伸掌為沖鋒。單手水平側伸為散開，水平側屈臂為結陣。斜下向右指就是向右，斜下向前就是向前，斜下向左就是向左。
孫一從善如流。
就這樣，老軍們同力德爾爺讨論了各種情況，一條一條地完善了旗令、哨令、口令、手語命令、雙手旗語命令、燈語命令，最終推出了狼山軍隊第一個完整的軍令體系。