關于大辯論的奏疏是十一月二十日呈上去的，但深宮中的萬曆皇帝久久未批複，就在大臣們以為那些奏疏又要留中時，臘月十六，诏旨下，萬曆皇帝下令将南京教案中的王豐肅、謝務祿這兩位傳教士押往澳門，不許再入大明傳教，教徒中聚衆鬧事的首犯鐘鳴禮、張寀二人充軍發落，封鎖正陽門教堂，其餘教士和教衆則不予追究；大統曆屢出舛誤，禮部與欽天監要盡快着手修曆，暫不引用西洋曆法；翰林院可以開設譯書局，翻譯西洋曆算、地理、醫藥、農田、水利書籍，以廣眼界，以正缺失——

　　皇帝還有專門的谕旨給方從哲、吳道南這兩位閣臣，說閣臣點檢題奏、票拟批答、平允庶政，乃是為皇帝代勞分憂，必得和睦共濟，以國事為重，以後上呈的奏章必須經由首輔簽署，其餘閣臣有異議可附拟于後。〖〗

　　萬曆皇帝當然不允許方從哲辭職，但吳道南也是他看重的，内閣現在就隻有這兩個大臣，若趕走了吳道南，吏部少不了又要會推閣臣，争得不可開交是肯定的，這與萬曆皇帝“無為而治”相悖，萬曆皇帝隻想維持現狀。

　　對于方從哲而言，皇帝重申首輔的職權存了他顔面，但吳道南也沒有因此被奪權，依舊能對首輔的票拟持異議，明代内閣與前朝的宰相制度差别很大，内閣沒有決策權和行政執行權，隻是一個議政機構，而且萬曆當政後内閣權力更見萎縮，前首輔葉向首就曾說“設立閣臣，不過文學侍從，其重亦止于票拟。〖〗委任權力與前代之宰相絕不相同。以無權之官而欲作有權之事，以有權之事而必責于無權之官，此從來閣臣之所以無完名也。”所以說在内閣權力衰落之際。首輔與次輔的職權差别不大，一切事務還都要皇帝來定奪——

　　萬曆皇帝沒有應沈榷之請而宣布禁絕天主教，也沒有應徐光啟之請援引西洋曆法修改大統曆。這是萬曆皇帝一貫對付外臣紛争的辦法，沈榷如願驅逐了王豐肅等人，但并沒有能禁絕天主教，徐光啟如願開設譯局，但引進西洋曆法修改大統曆的目的卻沒有達到，大辯論聲勢不小，前後曆經數月，繞了一個大圈，回到了原點。似乎什麼也沒有改變，這就是萬曆朝的政局。

　　沈榷對這一結果是不滿意的，他本想借禁絕天主教赢得朝野保守勢力對他的贊許。〖〗但皇帝沒有頒發禁教令。隻驅逐了兩個耶稣會士，天主教在大明照常傳播。這實在是沈榷的失敗，而且京師士庶都知道他在辯論中敗給了張原，有損他的聲譽，且喜方從哲欣賞他，暗示明年京察後讓他升任北京禮部侍郎，北京禮部侍郎可不是南京禮部侍郎能比的，這讓沈榷感到欣慰，他打壓天主教的目的也正是為此，以後要再接再厲，——

　　徐光啟對未能保住王豐肅、謝務祿感到遺憾，但張原對這一結果卻是滿意的，王豐肅在南京傳教過于張揚，若留在大明，早晚還會激起保守的儒家士紳和佛教徒的強烈反對，而現在，因王豐肅、謝務祿的被逐，在大明的耶稣會士必得要調整傳教策略，這是張原所樂見的，最重要的是，張原開設譯局、翻譯西學典籍的目的達到了，大辯論看似沒有改變什麼，但其中的潛移默化，隻有張原最明了——

　　因這次國子監大辯論，燈市街翰社書鋪六千餘冊西學書籍被搶購一空，很多士子還向武陵詢問利瑪窦的記憶法，武陵很聰明，不說沒有此書，隻含糊說将随後推出，把這些讀書人的心吊住，不時再來光顧，也會買些其他書。

　　臘月二十休沐日，武陵回到李閣老胡同向張原彙報書鋪經營狀況，武陵道：“少爺，到底有沒有‘利瑪窦記憶法’這種書？”

　　張原道：“我曾問過金尼閣，記憶法是有，書沒有。〖〗”

　　武陵道：“不如編這麼一本書，肯定大賣，很多書生都到咱們書鋪問這本書呢。”

　　張原靈光一閃：何不把利瑪窦記憶之宮與亞裡士多德的《工具論》結合起來編成一部書，引進西方邏輯學對混亂的大明思想界是大有裨益的，可以培養一種理性思維，邏輯學是梳理思想和知識的工具，理論和科學的産生有賴于邏輯學，明代工藝技術很發達，卻不能産生系統的科學理論，正是因為邏輯學的缺失。

　　張原即命武陵和來福去宣武門那邊請金尼閣來這裡，順便把那個書坊老闆袁朝年請來商議事情。

　　姚叔駕車送武陵、來福去宣武門，張原入内院到商澹然房間逗兒子鴻漸玩耍，自十一月下過兩場大雪後，天氣晴朗至今，但因為寒冷，四合院裡清理積雪堆起的幾個大雪人并不融化，看來要等開春才會消融了，商澹然道：“京師冬季嚴寒，室内卻是溫暖，我不大習慣，近來有些上火，睡眠不佳，就連鴻漸嘴上也起了一個熱疱，痛得哇哇哭呢，昨日點了一些清涼藥末，才好些。〖〗”

　　張原抱起兒子看，小嘴上的小疱也可愛，向着父親嘻嘻笑，四肢亂動，發出“哦哦”的聲音。